Dansk Gartneris øverste besluttende og bevilligende myndighed er generalforsamlingen, som afholdes en gang om året, og som vælger bestyrelsens formand og næstformand. Den øvrige bestyrelse består af p.t. 10 medlemmer, der repræsenterer sektorer og kredse.
Bestyrelsen fastlægger foreningens strategi og vedtægter, fremlægger foreningens budget og regnskab til godkendelse på den årlige generalforsamling og varetager vigtige udvalgsposter.
Foreningens erhvervspolitiske arbejde samt den daglige betjening af bestyrelse og medlemmer udføres af sekretariatet, som består af en række medarbejdere under ledelse af den administrerende direktør.
Dansk Gartneri har til huse i København og indgår her i et tæt samarbejde med Landbrug & Fødevarer, hvor formanden har en plads som observatør i hovedbestyrelsen.